תוכנית משל"י מעניקה ללומדים בה ידע נרחב במדעי היהדות והיא מיועדת לאנשים העוסקים או המעוניינים לעסוק במרחב היהודי או היהודי־חברתי.
כמחצית מן הקורסים בתוכנית יעניקו לסטודנטים ידע אקדמי שיטתי בתלמוד, הטקסט המרכזי שסביבו התעצבה התרבות היהודית, והם יעסקו בנקודות החיבור בין תלמוד לבין הלכה ומדרש. שאר הקורסים יעניקו לסטודנטים כלים לקידום עשייה חברתית במישור הקהילתי, החינוכי או הציבורי. קורסים מגוונים אלה יעסקו בבית המדרש ובעבודה חינוכית־קהילתית המתבססת על ארון הספרים היהודי, והם יתמקדו במגוון הזהויות בחברה היהודית, בקידום שיח ביניהן ואיתן ובפרקטיקה של תפילה, טקס, חג ומועד.
משל"י שמה לעצמה לעודד עשייה יהודית בחברה הישראלית ומציעה תוכנית לימודים מורחבת אשר תזכה את המשתתפים בה בהנחה ניכרת בשכר הלימוד. לפרטים על תוכנית עמיתי משל"י לחצו על הלשונית של "תוכנית עמיתי משל"י".
התואר השני במכון שכטר כולל 18 קורסים סמסטריאליים שחלקם חובה וחלקם בחירה:
יסודות (9 קורסים סמסטריאליים)
עשייה יהודית־חברתית (9 קורסים סמסטריאליים)
שכר לימוד
משל"י שמה לעצמה לעודד עשייה יהודית בחברה הישראלית ומציעה תוכנית לימודים מורחבת אשר תזכה את המשתתפים בה בהנחה ניכרת בשכר הלימוד.
בתוכנית עמיתי משל"י הסטודנטים משתתפים השתתפות מלאה בתוכנית האקדמית שפורטה לעיל, ופרט לכך גם משתתפים ביחידות לימוד ובסדנאות כגון למידת עמיתים, דרשנות ודיבור בציבור, כתיבה יוצרת, ימי עיון, שבת משותפת, יוזמות עמיתים וליווי רוחני. לימודים אלו אינם מקנים נקודות זיכוי לתואר.