מזה דורות אחדים סברו וסוברים מנהיגי היהדות הקונסרבטיבית העולמית, ביניהם הנגיד הרב פרופ' גרשון כהן ז"ל והנגיד (בדימוס) הרב פרופ' יצחק שורש, ומייסדי התנועה המסורתית בארץ, שהקמתו של בית מדרש לרבנים אקדמי במדינת ישראל, הצמוד למכון המעניק תארים אקדמיים, עשוי להעניק תנופה עצומה ליהדות המסורתית-קונסרבטיבית במדינת ישראל ולחיי הדת והרוח שלה.

אמונה זו מבוססת על הניסיון היהודי-אמריקאי, שהביא בסוף המאה התשע-עשרה להיווסדו של ה- Jewish  Theological Seminary of America (בית המדרש התאולוגי היהודי של אמריקה), הידוע בשמו JTS. ה-JTS הוא המוסד שהצמיח את התנועה הקונסרבטיבית בארה"ב ואת מעגלי ההשפעה שלה, באמצעות תלמידיו, המחנכים והרבנים שיצאו מקרבו. שנים רבות פעל מכון שכטר בירושלים כשלוחה הישראלית של ה-JTS והוא שנתן את ההסמכה לבוגריו. בשנת 2003 הכירה המועצה להשכלה גבוהה (המל"ג) במכון שכטר כמוסד אקדמי ישראלי ועצמאי, והסמיכה אותו להעניק תואר שני במדעי היהדות.

מכון שכטר למדעי היהדות, ככל מוסד אקדמי מוכר, מחויב לקיים בתוכו חופש אקדמי. בהתאם לרוח זו נמצאים בסגל המרצים שלו מרצים בעלי מגוון רחב של השקפות עולם בענייני דת, ובכך הוא משקף את החזון הרוחני של הוגי התנועה המסורתית, של חיפוש האמת בכל הכלים האפשריים, תוך הקשבה למכלול עולם המחשבה היהודי הפלורליסטי של ימינו עם התמקצעות בשיטות מחקר אקדמיות.

קבלת ההסמכה לרבנות מותנית בקבלת תואר שני M.A.